More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4373 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  86.12 
 
 
245 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  86.12 
 
 
245 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  86.25 
 
 
241 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  85.42 
 
 
241 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  85.42 
 
 
260 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  84.65 
 
 
241 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  81.74 
 
 
243 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  81.43 
 
 
242 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  81.01 
 
 
242 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  51.65 
 
 
241 aa  235  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.74 
 
 
247 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  53.14 
 
 
244 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 
246 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.85 
 
 
246 aa  227  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 
246 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 
246 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 
246 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  51.05 
 
 
237 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 
246 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 
246 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.43 
 
 
247 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  51.75 
 
 
230 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  50 
 
 
245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.23 
 
 
259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001059  putative two-component response regulator  50 
 
 
235 aa  218  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.9 
 
 
246 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  48.95 
 
 
247 aa  218  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  48.32 
 
 
248 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  48.55 
 
 
243 aa  217  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.72 
 
 
246 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.13 
 
 
256 aa  216  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.29 
 
 
246 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  48.97 
 
 
245 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 
246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
246 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
246 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 
246 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 
275 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 
242 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  46.67 
 
 
246 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  47.46 
 
 
246 aa  207  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  47.23 
 
 
241 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  45.64 
 
 
241 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 
236 aa  205  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.5 
 
 
239 aa  204  9e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  44.73 
 
 
245 aa  202  3e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 
245 aa  202  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 
252 aa  201  8e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  201  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  44.73 
 
 
245 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  46.15 
 
 
241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  45 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  47.46 
 
 
241 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  44.02 
 
 
236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5255  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 
218 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 
239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.59 
 
 
236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.3 
 
 
240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  46.19 
 
 
241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  46.81 
 
 
241 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  45.76 
 
 
241 aa  198  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  45.3 
 
 
240 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  46.81 
 
 
241 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  46.81 
 
 
241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  45.9 
 
 
241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 
262 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
238 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  45.73 
 
 
241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 
242 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 
261 aa  195  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 
238 aa  194  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  45.11 
 
 
257 aa  194  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  45.65 
 
 
239 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 
252 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  44.07 
 
 
243 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  44.92 
 
 
243 aa  192  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.48 
 
 
240 aa  192  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  48.47 
 
 
243 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  45.76 
 
 
240 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  45.22 
 
 
239 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  44.35 
 
 
239 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  44.35 
 
 
239 aa  191  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  44.87 
 
 
240 aa  191  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  44.35 
 
 
239 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  47.26 
 
 
237 aa  191  7e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  44.07 
 
 
243 aa  191  8e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  44.07 
 
 
243 aa  191  8e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  43.98 
 
 
240 aa  191  9e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  46.5 
 
 
247 aa  191  9e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  44.35 
 
 
239 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  44.35 
 
 
239 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>