More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4654 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  78.42 
 
 		 246 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  77.31 
 
 		 240 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  75.63 
 
 		 240 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.68 
 
 		 240 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.82 
 
 		 241 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  62.82 
 
 		 241 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  61.02 
 
 		 251 aa  293  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  60.92 
 
 		 241 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.5 
 
 		 251 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  49.79 
 
 		 245 aa  249  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  49.79 
 
 		 245 aa  248  9e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  55.9 
 
 		 261 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  54.47 
 
 		 255 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.78 
 
 		 236 aa  238  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  54.85 
 
 		 238 aa  238  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 239 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.42 
 
 		 239 aa  236  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  53.59 
 
 		 270 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.85 
 
 		 246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 241 aa  232  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  51.67 
 
 		 246 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  51.67 
 
 		 246 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  49.39 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 262 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  48.97 
 
 		 246 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 243 aa  229  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  48.99 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  51.25 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.32 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  48.18 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  51.05 
 
 		 239 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  48.94 
 
 		 236 aa  229  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  51.27 
 
 		 247 aa  229  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  49.8 
 
 		 246 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  50.83 
 
 		 246 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  51.91 
 
 		 246 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  48.98 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.38 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.5 
 
 		 246 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.58 
 
 		 256 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.96 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 232 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  48.91 
 
 		 242 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.58 
 
 		 246 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.16 
 
 		 247 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 261 aa  220  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  47.13 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 230 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 		 259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 238 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  46.86 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 245 aa  214  9e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 248 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 236 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  46.58 
 
 		 238 aa  212  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 242 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 		 236 aa  211  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.5 
 
 		 245 aa  211  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 243 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  51.04 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.72 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.42 
 
 		 248 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  47.41 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  45.99 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.28 
 
 		 247 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 252 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  46.98 
 
 		 239 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  46.98 
 
 		 239 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  46.15 
 
 		 238 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  47.62 
 
 		 257 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 243 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 239 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>