More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1012 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  98.34 
 
 		 260 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  97.1 
 
 		 241 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  95.83 
 
 		 241 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  85.42 
 
 		 243 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  83.54 
 
 		 245 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  82.43 
 
 		 245 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  81.51 
 
 		 243 aa  387  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  79.75 
 
 		 242 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  79.32 
 
 		 242 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.56 
 
 		 247 aa  237  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 		 244 aa  235  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.85 
 
 		 246 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  51.05 
 
 		 241 aa  232  5e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 246 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.57 
 
 		 246 aa  228  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  50.85 
 
 		 245 aa  228  8e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 246 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 246 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.37 
 
 		 246 aa  226  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  52.32 
 
 		 237 aa  226  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 246 aa  224  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  49.79 
 
 		 247 aa  224  8e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 248 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 246 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 245 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  49.38 
 
 		 246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 246 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 246 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  48.72 
 
 		 246 aa  218  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  51.5 
 
 		 243 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  49.56 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.56 
 
 		 259 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 242 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.12 
 
 		 275 aa  209  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001059  putative two-component response regulator  49.15 
 
 		 235 aa  209  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  47.93 
 
 		 243 aa  208  6e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 241 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  49.35 
 
 		 239 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 245 aa  205  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  44.21 
 
 		 245 aa  204  9e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  44.21 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  48.72 
 
 		 262 aa  201  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5255  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 218 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  44.81 
 
 		 250 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.45 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  46.98 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 261 aa  198  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 242 aa  198  7e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  46.96 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.66 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  43.88 
 
 		 236 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  44.73 
 
 		 241 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  44.73 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.35 
 
 		 241 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  45.99 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.76 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  47.46 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  47.08 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.58 
 
 		 241 aa  191  9e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  46.55 
 
 		 243 aa  191  9e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  44.17 
 
 		 241 aa  191  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  43.88 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  44.3 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 241 aa  190  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  44.35 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  44.12 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.5 
 
 		 251 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 240 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 241 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 240 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.16 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>