More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2403 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  98.78 
 
 		 246 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  99.19 
 
 		 246 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  92.21 
 
 		 246 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  86.99 
 
 		 246 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  86.99 
 
 		 246 aa  440  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  83.47 
 
 		 245 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.89 
 
 		 246 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.89 
 
 		 246 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  80.58 
 
 		 247 aa  410  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.86 
 
 		 246 aa  410  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  81.07 
 
 		 245 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  77.46 
 
 		 247 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.8 
 
 		 246 aa  377  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  71.54 
 
 		 246 aa  364  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  72.13 
 
 		 246 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  72.13 
 
 		 246 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  72.13 
 
 		 246 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  71.14 
 
 		 246 aa  360  8e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  71.31 
 
 		 246 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.25 
 
 		 247 aa  347  8e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.37 
 
 		 256 aa  343  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  68.49 
 
 		 248 aa  334  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5255  two component transcriptional regulator  71.76 
 
 		 218 aa  315  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.85 
 
 		 275 aa  276  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 243 aa  274  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  56.84 
 
 		 242 aa  259  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  55.42 
 
 		 237 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  51.25 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  54.98 
 
 		 241 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.99 
 
 		 236 aa  241  7.999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.98 
 
 		 241 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  53.48 
 
 		 243 aa  239  2e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.11 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.4 
 
 		 236 aa  239  4e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.7 
 
 		 259 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 239 aa  238  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  55.7 
 
 		 242 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 261 aa  238  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  55.7 
 
 		 230 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.74 
 
 		 242 aa  238  6.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.98 
 
 		 251 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  53.53 
 
 		 240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  48.59 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  51.71 
 
 		 236 aa  232  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 		 245 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 		 243 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 240 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 240 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  48.96 
 
 		 245 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 251 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  48.96 
 
 		 245 aa  229  3e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  48.33 
 
 		 241 aa  229  4e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 236 aa  228  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 		 247 aa  228  7e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  50.84 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.83 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.79 
 
 		 239 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.62 
 
 		 240 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 261 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 241 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  47.23 
 
 		 241 aa  221  7e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 241 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 260 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 262 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 249 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 243 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  48.72 
 
 		 241 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  49.59 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  46.06 
 
 		 241 aa  217  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  48.74 
 
 		 240 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 244 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 240 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 240 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 252 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  47.76 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  45.23 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  45.38 
 
 		 241 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 243 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.74 
 
 		 263 aa  211  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  49.57 
 
 		 243 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  47.23 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  49.38 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  44.63 
 
 		 253 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 261 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 238 aa  208  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 245 aa  209  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  46.81 
 
 		 242 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  47.33 
 
 		 244 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 244 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.73 
 
 		 245 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  47.16 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>