More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1375 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 
236 aa  482  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  55.36 
 
 
241 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.36 
 
 
241 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  56.03 
 
 
251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.22 
 
 
240 aa  268  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  53.62 
 
 
239 aa  267  8.999999999999999e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  53.62 
 
 
242 aa  261  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.36 
 
 
251 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  54.7 
 
 
241 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.62 
 
 
256 aa  259  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  53.65 
 
 
236 aa  259  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.02 
 
 
239 aa  257  9e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  52.97 
 
 
245 aa  254  6e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  53.65 
 
 
240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  52.97 
 
 
245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  53.04 
 
 
246 aa  251  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 
275 aa  247  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  52.59 
 
 
240 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.47 
 
 
246 aa  245  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  52.81 
 
 
241 aa  245  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 
236 aa  245  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.85 
 
 
247 aa  244  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  52.16 
 
 
262 aa  244  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.7 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.27 
 
 
246 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  54.27 
 
 
245 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  53.85 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 
261 aa  241  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 
246 aa  241  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 
246 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  52.99 
 
 
246 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 
246 aa  241  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 
240 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 
237 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.86 
 
 
239 aa  239  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  52.77 
 
 
247 aa  238  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 
246 aa  238  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 
245 aa  238  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  52.5 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  52.3 
 
 
243 aa  237  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 
240 aa  237  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 
240 aa  237  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 
246 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.77 
 
 
247 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 
238 aa  235  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 
245 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  51.25 
 
 
248 aa  234  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  52.36 
 
 
237 aa  234  9e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
246 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  50.64 
 
 
238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.91 
 
 
246 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 
246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  51.91 
 
 
246 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 
243 aa  232  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 
244 aa  232  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  51.93 
 
 
261 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  50.21 
 
 
238 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 
239 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.36 
 
 
259 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 
240 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 
238 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  53.36 
 
 
230 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
249 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 
250 aa  224  8e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 
270 aa  224  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  47.84 
 
 
244 aa  224  9e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  49.35 
 
 
240 aa  223  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 
245 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  48.29 
 
 
243 aa  221  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  48.71 
 
 
240 aa  221  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  48.71 
 
 
241 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  48.92 
 
 
241 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  50.68 
 
 
236 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  48.51 
 
 
243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  48.05 
 
 
240 aa  219  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  48.51 
 
 
243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  48.48 
 
 
241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  47.9 
 
 
241 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  48.92 
 
 
257 aa  219  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  48.92 
 
 
241 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  48.92 
 
 
241 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  48.71 
 
 
241 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.42 
 
 
242 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 
241 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  48.72 
 
 
245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  47.88 
 
 
241 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  48.28 
 
 
241 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 
236 aa  218  5e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  48.28 
 
 
241 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  48.28 
 
 
241 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
252 aa  218  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 
242 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  48.71 
 
 
245 aa  218  7e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  48.05 
 
 
241 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  48.05 
 
 
240 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
239 aa  218  8.999999999999998e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  47.84 
 
 
241 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  48.47 
 
 
243 aa  216  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>