More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4197 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  100 
 
 
242 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  86.25 
 
 
259 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  87.83 
 
 
230 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  68.24 
 
 
243 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  61.14 
 
 
243 aa  277  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  59.83 
 
 
261 aa  271  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  59.32 
 
 
252 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.33 
 
 
275 aa  246  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 
248 aa  244  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 
256 aa  241  9e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  55.7 
 
 
246 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  55.7 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  55.7 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  56.14 
 
 
246 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 
243 aa  236  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.82 
 
 
246 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  53.51 
 
 
245 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.95 
 
 
247 aa  231  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  53.91 
 
 
246 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.82 
 
 
246 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  55.26 
 
 
245 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 
246 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 
246 aa  229  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 
246 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 
246 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 
246 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.51 
 
 
246 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  53.51 
 
 
247 aa  228  9e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.9 
 
 
242 aa  228  9e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.34 
 
 
247 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 
246 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  53.51 
 
 
246 aa  225  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 
239 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  53.07 
 
 
246 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  52.86 
 
 
240 aa  222  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.17 
 
 
246 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 
236 aa  221  7e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 
242 aa  221  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 
237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 
241 aa  218  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 
262 aa  218  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 
246 aa  218  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  49.13 
 
 
245 aa  218  6e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  49.13 
 
 
245 aa  218  7e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  51.11 
 
 
236 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 
240 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  51.97 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  52 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.97 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 
261 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 
239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  48.75 
 
 
251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4212  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 
241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 
236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 
236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 
240 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.81 
 
 
239 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.34 
 
 
251 aa  211  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  52.42 
 
 
238 aa  211  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  48.02 
 
 
242 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
245 aa  210  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
240 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
239 aa  209  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 
243 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1011  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 
241 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1012  winged helix family two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
241 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0418267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  48.02 
 
 
242 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  47.32 
 
 
238 aa  209  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1050  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
260 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.36572  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
245 aa  209  4e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  48.02 
 
 
245 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 
241 aa  208  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 
250 aa  208  7e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.46 
 
 
245 aa  207  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 
235 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
234 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5255  two component transcriptional regulator  53.59 
 
 
218 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 
261 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 
244 aa  207  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 
243 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 
247 aa  206  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 
234 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  47.86 
 
 
257 aa  205  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
249 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 
245 aa  204  8e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  46.88 
 
 
238 aa  204  9e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 
241 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.67 
 
 
246 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 
240 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 
232 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 
237 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 
241 aa  202  4e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  43.91 
 
 
241 aa  201  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
241 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 
240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 
240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 
240 aa  199  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  45.22 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>