More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2582 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  100 
 
 		 243 aa  483  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  90.08 
 
 		 243 aa  443  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  90.08 
 
 		 243 aa  443  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  88.89 
 
 		 243 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  87.97 
 
 		 243 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  87.19 
 
 		 243 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  85.66 
 
 		 245 aa  427  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  85.19 
 
 		 243 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  83.88 
 
 		 245 aa  423  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  82.64 
 
 		 244 aa  407  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  83.56 
 
 		 236 aa  387  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1648  osmolarity response regulator  73.11 
 
 		 240 aa  330  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1898  osmolarity response regulator  73.11 
 
 		 240 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.065084  normal  0.515659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1569  osmolarity response regulator  73.11 
 
 		 240 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306137  normal  0.101265 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1368  osmolarity response regulator  71.37 
 
 		 240 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1947  osmolarity response regulator  71.37 
 
 		 240 aa  325  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  7e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1938  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0280828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  70.56 
 
 		 241 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  70.56 
 
 		 241 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  70.56 
 
 		 241 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1253  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.512472  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2395  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2352  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260389  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1003  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  323  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal  0.39184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1879  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276509  normal  0.342548 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2307  osmolarity response regulator  70.64 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0713504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  68.09 
 
 		 243 aa  320  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  66.23 
 
 		 257 aa  317  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  61.02 
 
 		 240 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  63.52 
 
 		 239 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  63.52 
 
 		 239 aa  311  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  63.52 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  63.52 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  61.44 
 
 		 241 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  62.55 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  63.09 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  62.55 
 
 		 239 aa  310  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  62.55 
 
 		 239 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  62.55 
 
 		 239 aa  310  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  60.17 
 
 		 241 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  61.28 
 
 		 239 aa  308  4e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  62.66 
 
 		 239 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  62.66 
 
 		 239 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  61.54 
 
 		 240 aa  307  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  61.44 
 
 		 240 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  62.82 
 
 		 239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  63.36 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  61.02 
 
 		 241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  60.59 
 
 		 241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  61.22 
 
 		 245 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  59.92 
 
 		 240 aa  305  5.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  60.59 
 
 		 241 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  61.02 
 
 		 241 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  62.66 
 
 		 254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  60.17 
 
 		 241 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  62.66 
 
 		 254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  61.8 
 
 		 248 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  60.17 
 
 		 241 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  60.17 
 
 		 241 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  59.75 
 
 		 241 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  59.32 
 
 		 241 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  59.32 
 
 		 241 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  59.32 
 
 		 241 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  61.11 
 
 		 240 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  59.75 
 
 		 241 aa  298  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0246  osmolarity response regulator  59.59 
 
 		 246 aa  297  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0261  osmolarity response regulator  59.59 
 
 		 246 aa  297  9e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0271  osmolarity response regulator  59.59 
 
 		 246 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  59.5 
 
 		 246 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  60.26 
 
 		 246 aa  293  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  59.09 
 
 		 246 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  58.68 
 
 		 246 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  57.85 
 
 		 246 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  60.25 
 
 		 244 aa  285  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5944  osmolarity response regulator  62.18 
 
 		 247 aa  285  5e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68700  osmolarity response regulator  62.18 
 
 		 247 aa  285  5e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  55.98 
 
 		 267 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14041  two-component response regulator  55.74 
 
 		 241 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.117879 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 241 aa  249  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  56.85 
 
 		 251 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>