More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4089 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 240 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  83.26 
 
 		 240 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  78.57 
 
 		 246 aa  387  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  74.37 
 
 		 249 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.29 
 
 		 251 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.79 
 
 		 240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  63.4 
 
 		 241 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.93 
 
 		 241 aa  299  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  62.93 
 
 		 241 aa  299  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  62.45 
 
 		 251 aa  294  9e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  51.68 
 
 		 245 aa  255  6e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.98 
 
 		 239 aa  254  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  51.68 
 
 		 245 aa  253  1.0000000000000001e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  54.04 
 
 		 255 aa  244  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 241 aa  242  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 237 aa  241  7.999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  50.43 
 
 		 236 aa  239  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.65 
 
 		 246 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  52.16 
 
 		 236 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.17 
 
 		 275 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 		 241 aa  235  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.05 
 
 		 246 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.91 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  54.85 
 
 		 238 aa  234  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 239 aa  234  7e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.62 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  52.79 
 
 		 262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  52.7 
 
 		 261 aa  232  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  52.36 
 
 		 239 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 239 aa  232  5e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  52.17 
 
 		 242 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  51.68 
 
 		 241 aa  231  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  50.63 
 
 		 247 aa  230  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.21 
 
 		 247 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 		 246 aa  228  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  52.17 
 
 		 261 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  51.69 
 
 		 246 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  51.69 
 
 		 246 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  48.92 
 
 		 246 aa  224  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 243 aa  224  8e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  52.72 
 
 		 270 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  47.28 
 
 		 243 aa  223  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 236 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  51.27 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 239 aa  222  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 246 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  48.95 
 
 		 241 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  48.46 
 
 		 236 aa  222  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  51.11 
 
 		 230 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.11 
 
 		 259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  47.26 
 
 		 240 aa  221  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  48.95 
 
 		 241 aa  221  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  50.22 
 
 		 239 aa  221  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  48.52 
 
 		 241 aa  221  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  48.52 
 
 		 241 aa  221  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  48.52 
 
 		 241 aa  221  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  48.72 
 
 		 248 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  48.95 
 
 		 241 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  48.1 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  48.51 
 
 		 240 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  48.1 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  48.52 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  48.1 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  49.37 
 
 		 254 aa  219  3e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 245 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  49.37 
 
 		 254 aa  219  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.15 
 
 		 246 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  48.1 
 
 		 241 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  47.68 
 
 		 241 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  48.48 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  50.63 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>