More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3772 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  63.87 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  57.5 
 
 		 240 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.27 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  54.43 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  55.79 
 
 		 262 aa  250  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  54.62 
 
 		 241 aa  239  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.56 
 
 		 251 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  50.21 
 
 		 245 aa  238  5.999999999999999e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  51.07 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  50.21 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.67 
 
 		 256 aa  236  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  55.74 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.74 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.32 
 
 		 240 aa  234  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  52.54 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  52.79 
 
 		 251 aa  227  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  51.52 
 
 		 236 aa  225  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 275 aa  225  6e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 246 aa  224  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.42 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  53.68 
 
 		 238 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  52.54 
 
 		 247 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  50.65 
 
 		 242 aa  222  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 239 aa  221  9e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  50.65 
 
 		 243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 246 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 236 aa  218  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 246 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  50.82 
 
 		 246 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  47.28 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 245 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.91 
 
 		 247 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  50.85 
 
 		 246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.06 
 
 		 246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  49.78 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 261 aa  215  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  50 
 
 		 241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  50 
 
 		 257 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  49.78 
 
 		 243 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 247 aa  212  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 246 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  43.8 
 
 		 241 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 238 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  50.43 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  49.35 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  50.43 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  49.15 
 
 		 248 aa  209  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 241 aa  208  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  46.61 
 
 		 243 aa  208  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.53 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.57 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 239 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  49.57 
 
 		 241 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  49.57 
 
 		 241 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  49.57 
 
 		 241 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0771  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 		 244 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 236 aa  205  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  48.54 
 
 		 248 aa  205  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  48.51 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 270 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  48.92 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  48.71 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  48.71 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  47.23 
 
 		 239 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  46.78 
 
 		 240 aa  201  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  47.23 
 
 		 239 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  48.26 
 
 		 240 aa  201  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  47.68 
 
 		 239 aa  201  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 239 aa  201  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  47.62 
 
 		 241 aa  201  7e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  47.83 
 
 		 241 aa  201  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  49.14 
 
 		 241 aa  201  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  50 
 
 		 241 aa  201  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 241 aa  201  8e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>