More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6320 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  77.31 
 
 		 240 aa  380  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  56.65 
 
 		 240 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  55.56 
 
 		 236 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 242 aa  272  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  53.62 
 
 		 236 aa  267  8.999999999999999e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.2 
 
 		 275 aa  256  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  54.43 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  54.43 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  53.14 
 
 		 245 aa  250  1e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  53.14 
 
 		 245 aa  250  1e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  54.04 
 
 		 241 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  55.6 
 
 		 245 aa  246  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.04 
 
 		 241 aa  246  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  54.47 
 
 		 245 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.42 
 
 		 240 aa  244  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  54.27 
 
 		 239 aa  243  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.81 
 
 		 247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  54.66 
 
 		 246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  53.81 
 
 		 247 aa  241  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  54.66 
 
 		 246 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  53.19 
 
 		 243 aa  241  7e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 246 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 246 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.85 
 
 		 256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 246 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.7 
 
 		 246 aa  238  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 246 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.54 
 
 		 246 aa  238  8e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.94 
 
 		 251 aa  238  8e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  54.08 
 
 		 241 aa  238  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  51.5 
 
 		 251 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  52.14 
 
 		 246 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  54.35 
 
 		 246 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 245 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.31 
 
 		 240 aa  236  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 246 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  52.32 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 239 aa  235  4e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.54 
 
 		 246 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 244 aa  235  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  52.81 
 
 		 237 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 		 246 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.12 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  54.87 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  54.87 
 
 		 259 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  54.47 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 239 aa  232  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  49.37 
 
 		 238 aa  232  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  52.79 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 246 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  52.56 
 
 		 246 aa  232  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.36 
 
 		 240 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 241 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  53.28 
 
 		 238 aa  231  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.85 
 
 		 247 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  51.27 
 
 		 245 aa  229  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 262 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  48.95 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 237 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 		 242 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  52.14 
 
 		 243 aa  224  9e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  48.93 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  52.25 
 
 		 236 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 250 aa  221  7e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  51.48 
 
 		 243 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  51.48 
 
 		 243 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  51.08 
 
 		 243 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  51.48 
 
 		 243 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  51.9 
 
 		 243 aa  219  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 249 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  50.66 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  50.66 
 
 		 239 aa  218  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  50.66 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  50.66 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.38 
 
 		 245 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  50 
 
 		 239 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  50 
 
 		 239 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 236 aa  218  7.999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  50.65 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 252 aa  217  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  48.05 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>