More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5210 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  100 
 
 		 241 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.52 
 
 		 246 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  53.85 
 
 		 255 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.88 
 
 		 240 aa  246  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.88 
 
 		 241 aa  245  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  53.88 
 
 		 241 aa  245  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  52.16 
 
 		 251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  51.67 
 
 		 240 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.16 
 
 		 251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  51.68 
 
 		 241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.68 
 
 		 240 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 246 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 241 aa  220  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 		 249 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  44.35 
 
 		 245 aa  219  3e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.81 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  43.93 
 
 		 245 aa  215  4e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 261 aa  214  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  46.86 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  47.9 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  47.46 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 239 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 		 242 aa  205  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 245 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  41.42 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 256 aa  202  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 244 aa  198  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 		 243 aa  197  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5497  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.03 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.56 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  44.54 
 
 		 238 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.27 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  45.27 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  46.44 
 
 		 262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.68 
 
 		 246 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 241 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.58 
 
 		 239 aa  194  9e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.13 
 
 		 248 aa  194  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  46.72 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  45.27 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.72 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 245 aa  193  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.16 
 
 		 236 aa  192  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  44.12 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.96 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 246 aa  191  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 246 aa  191  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  45.27 
 
 		 245 aa  191  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  44.35 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 246 aa  190  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  44.21 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.65 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.57 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 228 aa  189  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  43.51 
 
 		 246 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.39 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  47.88 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  45.34 
 
 		 240 aa  185  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 252 aa  184  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2105  two component transcriptional regulator  45.8 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.98 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.16 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.21 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1287  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3566  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291783  normal  0.121657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.38 
 
 		 247 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  46.61 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3781  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 238 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 240 aa  181  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>