More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1287 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1287  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  457  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  50.64 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  52.81 
 
 		 243 aa  222  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  50.63 
 
 		 257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 240 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 239 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 239 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  49.36 
 
 		 245 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  50 
 
 		 243 aa  218  8.999999999999998e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  49.16 
 
 		 241 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  48.29 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  48.73 
 
 		 243 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  48.29 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  47.86 
 
 		 239 aa  216  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  48.73 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  215  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  48.74 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  48.72 
 
 		 243 aa  215  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  48.54 
 
 		 241 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  48.32 
 
 		 241 aa  214  8e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  47.86 
 
 		 241 aa  214  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  48.31 
 
 		 243 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  48.31 
 
 		 243 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  49.15 
 
 		 243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.36 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  47.86 
 
 		 240 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  47.9 
 
 		 241 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  50.68 
 
 		 236 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  47.48 
 
 		 241 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  48.72 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2395  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2352  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1253  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.512472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  46.61 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  208  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  46.61 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  208  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1938  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  208  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0280828  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  208  6e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  208  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 241 aa  208  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1003  osmolarity response regulator  50.63 
 
 		 244 aa  208  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal  0.39184 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 		 235 aa  208  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  45.96 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1879  osmolarity response regulator  50.63 
 
 		 244 aa  207  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276509  normal  0.342548 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2307  osmolarity response regulator  50.63 
 
 		 244 aa  207  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0713504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  47.44 
 
 		 241 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  46.81 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  48.95 
 
 		 267 aa  206  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  48.09 
 
 		 243 aa  205  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 241 aa  204  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  48.71 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  48.71 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  48.28 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.37 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  49.37 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 280 aa  202  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 251 aa  201  6e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 246 aa  201  8e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.26 
 
 		 243 aa  201  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>