More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1971 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  63.36 
 
 		 241 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.43 
 
 		 239 aa  279  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 237 aa  269  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  58.87 
 
 		 261 aa  262  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  53.68 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  49.15 
 
 		 245 aa  230  1e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  49.15 
 
 		 245 aa  229  3e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  51.93 
 
 		 243 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  50.87 
 
 		 246 aa  228  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 240 aa  227  9e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  51.3 
 
 		 230 aa  227  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 243 aa  218  7e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.05 
 
 		 236 aa  214  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 275 aa  214  8e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  48.44 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.26 
 
 		 240 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 240 aa  212  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 246 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 261 aa  211  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  49.79 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.79 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 240 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  48 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 		 251 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 242 aa  208  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.51 
 
 		 240 aa  208  6e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 246 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 246 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.18 
 
 		 263 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  48.03 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.84 
 
 		 239 aa  205  5e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.05 
 
 		 251 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.77 
 
 		 259 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  49.34 
 
 		 247 aa  204  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 		 246 aa  204  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 262 aa  204  9e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  47.77 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  47.83 
 
 		 243 aa  202  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.48 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 241 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 235 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  47.39 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  47.16 
 
 		 254 aa  202  5e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  47.16 
 
 		 254 aa  202  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  46.52 
 
 		 245 aa  201  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  47.39 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.46 
 
 		 247 aa  201  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  47.39 
 
 		 243 aa  201  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 		 236 aa  201  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 246 aa  201  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 252 aa  201  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  46.96 
 
 		 243 aa  201  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 241 aa  201  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  47.39 
 
 		 243 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 246 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  44.54 
 
 		 240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  46.52 
 
 		 245 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  45.85 
 
 		 248 aa  199  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  46.15 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  45.85 
 
 		 241 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  45.3 
 
 		 241 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  46.15 
 
 		 241 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  46.52 
 
 		 244 aa  197  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.96 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  46.09 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  45.41 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  46.52 
 
 		 243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  45.73 
 
 		 241 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.26 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.88 
 
 		 256 aa  195  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  44.98 
 
 		 241 aa  194  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.71 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  44.98 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>