More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5579 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 248 aa  497  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.97 
 
 		 245 aa  239  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  49.38 
 
 		 237 aa  232  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 244 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  43.37 
 
 		 245 aa  218  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  42.97 
 
 		 245 aa  214  9e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  45.42 
 
 		 246 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  47.13 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.33 
 
 		 240 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  43.33 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.33 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  43.62 
 
 		 251 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 		 255 aa  209  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.85 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  44.18 
 
 		 236 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.18 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 241 aa  208  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 249 aa  208  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  42.51 
 
 		 241 aa  207  9e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  46.69 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  46.34 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  46.18 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.9 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 240 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.53 
 
 		 251 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.2 
 
 		 246 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  42.91 
 
 		 246 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  42.91 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.08 
 
 		 275 aa  201  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  42.56 
 
 		 243 aa  201  8e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 248 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 245 aa  200  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.77 
 
 		 240 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  44.21 
 
 		 236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  44.53 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.91 
 
 		 236 aa  199  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  47.28 
 
 		 244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  42.51 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  46.44 
 
 		 243 aa  198  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 246 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  45.19 
 
 		 243 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  42.74 
 
 		 247 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.32 
 
 		 240 aa  197  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  40.24 
 
 		 244 aa  197  9e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  39.92 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0771  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 		 244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  40.34 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  48.03 
 
 		 236 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1003  osmolarity response regulator  47.95 
 
 		 244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal  0.39184 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 242 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  42.32 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  42.32 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2307  osmolarity response regulator  47.95 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0713504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1879  osmolarity response regulator  47.95 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276509  normal  0.342548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.59 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  41.87 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  44.58 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  41.84 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  44.13 
 
 		 241 aa  194  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  42.5 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.18 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.03 
 
 		 246 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  45.61 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  44.77 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2352  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1253  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.512472  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2395  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  45.19 
 
 		 243 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1938  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0280828  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  44.81 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  47.49 
 
 		 241 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 242 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  44.4 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 235 aa  191  6e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 236 aa  192  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  45.19 
 
 		 243 aa  191  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.23 
 
 		 246 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 252 aa  191  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>