More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0510 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.43 
 
 		 240 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  77.37 
 
 		 240 aa  360  7.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  76.23 
 
 		 241 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0328  two component transcriptional regulator  79.1 
 
 		 252 aa  346  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0194  two component transcriptional regulator  78.99 
 
 		 251 aa  345  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0275  two component transcriptional regulator  81.01 
 
 		 239 aa  343  8.999999999999999e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0213  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.57 
 
 		 238 aa  343  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0395409  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2635  two component transcriptional regulator  76.99 
 
 		 239 aa  341  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179803  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  59.4 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  58.55 
 
 		 239 aa  260  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.12 
 
 		 231 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0735  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 		 235 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  56.84 
 
 		 230 aa  248  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2160  two component transcriptional regulator  50.63 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1820  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2103  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0666731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  53.1 
 
 		 241 aa  223  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.44 
 
 		 234 aa  214  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.44 
 
 		 234 aa  214  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 		 245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 238 aa  209  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 238 aa  208  5e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 234 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 244 aa  201  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 245 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  44.54 
 
 		 230 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3138  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224709  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 232 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 238 aa  195  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1321  two component transcriptional regulator  44.73 
 
 		 234 aa  195  6e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0200617  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  43.61 
 
 		 227 aa  195  6e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 240 aa  195  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 		 237 aa  194  8.000000000000001e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 233 aa  194  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 		 239 aa  194  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  45.18 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.72 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.68 
 
 		 234 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  44.74 
 
 		 236 aa  192  3e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 232 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 232 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 232 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.62 
 
 		 240 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  45.49 
 
 		 240 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  45.49 
 
 		 240 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  46.19 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  46.78 
 
 		 254 aa  190  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  45.49 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  45.06 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  46.78 
 
 		 254 aa  190  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.21 
 
 		 251 aa  189  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  46.72 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.86 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  45.06 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  47.86 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 		 236 aa  189  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  44.83 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.83 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  189  4e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 		 235 aa  188  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  45.98 
 
 		 239 aa  188  5e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  44.83 
 
 		 239 aa  188  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.51 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.14 
 
 		 227 aa  188  5.999999999999999e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 241 aa  188  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  46.12 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 240 aa  187  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  45.69 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  42.36 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  46.98 
 
 		 236 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  44.64 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>