More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4321 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 219 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 219 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  87.21 
 
 		 219 aa  395  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.21 
 
 		 227 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.48 
 
 		 242 aa  281  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  61.61 
 
 		 247 aa  280  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  59.09 
 
 		 239 aa  280  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.93 
 
 		 242 aa  279  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  61.75 
 
 		 227 aa  278  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  58.72 
 
 		 224 aa  275  4e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  63.13 
 
 		 226 aa  274  7e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  58.64 
 
 		 225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  60.36 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.27 
 
 		 239 aa  272  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.27 
 
 		 239 aa  272  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.27 
 
 		 239 aa  272  4.0000000000000004e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.56 
 
 		 240 aa  271  5.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  58.56 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.56 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.56 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  58.56 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.56 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.56 
 
 		 240 aa  271  8.000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.56 
 
 		 240 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.11 
 
 		 240 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  58.37 
 
 		 241 aa  268  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.11 
 
 		 240 aa  267  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.11 
 
 		 240 aa  267  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.11 
 
 		 240 aa  267  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  58.11 
 
 		 240 aa  267  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.66 
 
 		 243 aa  266  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.66 
 
 		 240 aa  266  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  58.53 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.21 
 
 		 243 aa  265  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.53 
 
 		 223 aa  251  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.53 
 
 		 223 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  52.75 
 
 		 227 aa  250  9.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  51.77 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 		 226 aa  241  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  55.05 
 
 		 247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  51.6 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 227 aa  235  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 226 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  49.08 
 
 		 222 aa  231  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 230 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.33 
 
 		 234 aa  228  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 221 aa  227  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 		 229 aa  227  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.36 
 
 		 230 aa  222  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  53.15 
 
 		 232 aa  221  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 234 aa  208  4e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 231 aa  201  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 242 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.2 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.67 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 236 aa  191  6e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 223 aa  189  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  43.81 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 229 aa  187  8e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 231 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 237 aa  185  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 231 aa  185  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0632  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.883969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19400  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.86 
 
 		 279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0470356  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  43.84 
 
 		 225 aa  181  6e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4255  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 226 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 227 aa  181  8.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0719  DNA-binding response regulator  42.59 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0708  DNA-binding response regulator  42.59 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.675964 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  44.24 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 231 aa  178  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 226 aa  179  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 238 aa  178  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0618  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0651  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 228 aa  178  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 231 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>