More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1374 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 231 aa  454  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.750209  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3919  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.68 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 222 aa  194  8.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0781  hypothetical protein  44.84 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.18 
 
 		 225 aa  189  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0752  hypothetical protein  44.84 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  44.8 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.14 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.51 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 283 aa  184  8e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.74 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5331  transcriptional regulator two components regulatory system  48.02 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0274603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.29 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 224 aa  181  6e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 		 225 aa  181  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 227 aa  181  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 224 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  45.09 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  41.26 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 230 aa  178  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 228 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  45.25 
 
 		 225 aa  178  8e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 233 aa  178  8e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.34 
 
 		 227 aa  178  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 224 aa  177  9e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.37 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.15 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 226 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  42.92 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 249 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.64 
 
 		 226 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 652 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 235 aa  174  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 225 aa  175  7e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 229 aa  174  8e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.02 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  46.22 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  41.44 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.39 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.54 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  44.1 
 
 		 224 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  44.2 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 222 aa  171  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.61 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.92 
 
 		 227 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 224 aa  171  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  41.89 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 220 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  41.89 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>