More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2840 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  460  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  78.12 
 
 		 224 aa  375  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  60.36 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.47 
 
 		 227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  61.99 
 
 		 230 aa  268  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  61.36 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  59.09 
 
 		 226 aa  265  4e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  55.61 
 
 		 225 aa  265  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  59.55 
 
 		 227 aa  265  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  56.68 
 
 		 223 aa  265  5e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  55.66 
 
 		 227 aa  264  7e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  55.66 
 
 		 227 aa  264  7e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  61.54 
 
 		 230 aa  264  8.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  60.45 
 
 		 231 aa  261  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  58.41 
 
 		 243 aa  261  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 227 aa  260  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 227 aa  260  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  57.92 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  60 
 
 		 227 aa  258  6e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  60 
 
 		 224 aa  257  8e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  63.78 
 
 		 229 aa  254  6e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  56.82 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  56.82 
 
 		 223 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  54.59 
 
 		 223 aa  248  4e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.75 
 
 		 224 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 231 aa  247  8e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  61.88 
 
 		 231 aa  247  8e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 224 aa  246  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 224 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.91 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.91 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 230 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 225 aa  245  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  61.39 
 
 		 231 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 222 aa  245  4.9999999999999997e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  53.39 
 
 		 223 aa  244  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 227 aa  244  6e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 257 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 223 aa  242  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 229 aa  241  5e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 		 225 aa  241  9e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  53.18 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.67 
 
 		 236 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  51.82 
 
 		 229 aa  238  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 221 aa  237  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  54.3 
 
 		 221 aa  234  7e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 238 aa  233  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 220 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0166  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 226 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  48.43 
 
 		 219 aa  228  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 229 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 223 aa  227  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 221 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  48.64 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  48.43 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 235 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 226 aa  225  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 229 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  50.92 
 
 		 225 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 223 aa  218  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  46.64 
 
 		 219 aa  218  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 223 aa  218  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  50 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 		 222 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 224 aa  211  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  48.86 
 
 		 222 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 222 aa  208  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 224 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.95 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  44.95 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.71 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 219 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 222 aa  205  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 223 aa  205  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 219 aa  204  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1724  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  204  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  47.71 
 
 		 225 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1580  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  204  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.128837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1655  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  204  8e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.014875  hitchhiker  0.000274191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.75 
 
 		 219 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1946  transcriptional regulatory protein PhoP  49.32 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 222 aa  203  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 222 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>