More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3246 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  86.46 
 
 		 230 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  81.82 
 
 		 231 aa  388  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  81.5 
 
 		 227 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  83.18 
 
 		 227 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  79.65 
 
 		 231 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  80 
 
 		 230 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  83.18 
 
 		 227 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  81.39 
 
 		 231 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  77.83 
 
 		 243 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  85.65 
 
 		 229 aa  373  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  80.95 
 
 		 231 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.39 
 
 		 231 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  78.76 
 
 		 226 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  78.03 
 
 		 227 aa  363  1e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  71.95 
 
 		 224 aa  330  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  67.71 
 
 		 224 aa  307  8e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  60.36 
 
 		 224 aa  272  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  60.36 
 
 		 226 aa  266  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  56.56 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.75 
 
 		 227 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  53.92 
 
 		 223 aa  247  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  52.49 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  51.82 
 
 		 224 aa  232  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 221 aa  232  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 		 223 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  50.91 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 		 222 aa  230  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  50.91 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.73 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 223 aa  229  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  48.91 
 
 		 230 aa  229  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 223 aa  229  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 223 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 226 aa  228  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 238 aa  228  5e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  228  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  50.68 
 
 		 223 aa  227  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 257 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 220 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  53.98 
 
 		 235 aa  224  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.92 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 227 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  50.23 
 
 		 221 aa  221  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.92 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.92 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  50.92 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 221 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 222 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 236 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  46.82 
 
 		 219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 223 aa  210  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1580  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 227 aa  210  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.128837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1655  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 227 aa  210  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.014875  hitchhiker  0.000274191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1946  transcriptional regulatory protein PhoP  49.77 
 
 		 224 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0166  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.13 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  46.36 
 
 		 219 aa  208  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1724  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 227 aa  208  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  46.82 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2255  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 222 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 224 aa  205  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  46.88 
 
 		 219 aa  204  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1850  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 224 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0826767  hitchhiker  0.000859255 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2494  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.178511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2501  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2614  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 240 aa  201  6e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  48.42 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  45.05 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.75 
 
 		 222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 221 aa  198  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  44.59 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 241 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  197  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  45.41 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  44.75 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 		 221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>