More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2228 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  472  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  78.73 
 
 		 224 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  79.44 
 
 		 224 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  76.68 
 
 		 224 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  78.97 
 
 		 257 aa  354  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  77.57 
 
 		 223 aa  353  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.1 
 
 		 236 aa  350  8.999999999999999e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  77.1 
 
 		 223 aa  348  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  75.46 
 
 		 222 aa  347  7e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  72.4 
 
 		 229 aa  347  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  73.39 
 
 		 224 aa  345  5e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  74.07 
 
 		 230 aa  345  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  71.95 
 
 		 229 aa  343  1e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.94 
 
 		 223 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.94 
 
 		 223 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  71.04 
 
 		 223 aa  342  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.85 
 
 		 225 aa  341  5e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  72.22 
 
 		 227 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  79.44 
 
 		 229 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  70.83 
 
 		 225 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.83 
 
 		 225 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.83 
 
 		 225 aa  334  5e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  71.3 
 
 		 225 aa  334  7e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  77.06 
 
 		 223 aa  328  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  76.61 
 
 		 223 aa  316  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  66.06 
 
 		 221 aa  311  4.999999999999999e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  68.52 
 
 		 225 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  66.82 
 
 		 220 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  67.13 
 
 		 221 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  66.82 
 
 		 225 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  69.96 
 
 		 226 aa  292  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.41 
 
 		 222 aa  289  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  63.89 
 
 		 223 aa  289  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  59.63 
 
 		 229 aa  265  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.65 
 
 		 222 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 221 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  60.99 
 
 		 223 aa  252  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  62.16 
 
 		 223 aa  251  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  56.82 
 
 		 221 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 		 221 aa  248  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 		 221 aa  248  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.82 
 
 		 223 aa  248  6e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  55.91 
 
 		 221 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  56.94 
 
 		 221 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  53.98 
 
 		 231 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  54.55 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.79 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  51.04 
 
 		 243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  55 
 
 		 231 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 227 aa  239  4e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 231 aa  238  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  53.36 
 
 		 227 aa  239  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  55 
 
 		 224 aa  238  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  55 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  53.95 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.05 
 
 		 224 aa  234  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.59 
 
 		 221 aa  234  9e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  54.59 
 
 		 221 aa  234  9e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  52.73 
 
 		 222 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.73 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  52.29 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  51.14 
 
 		 225 aa  232  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 		 220 aa  232  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  53.64 
 
 		 220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 219 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  53.92 
 
 		 219 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 220 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 220 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 		 219 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.92 
 
 		 219 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 220 aa  231  6e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 220 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 220 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 224 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 220 aa  229  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  51.83 
 
 		 222 aa  228  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 230 aa  228  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  51.38 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  52.29 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 222 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  54.85 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 222 aa  223  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.37 
 
 		 231 aa  222  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2615  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 229 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  53.37 
 
 		 231 aa  222  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2065  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 221 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0454664 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  52.7 
 
 		 223 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  52.88 
 
 		 231 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.28 
 
 		 221 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 223 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  49.08 
 
 		 219 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.95 
 
 		 220 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>