More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003784 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  100 
 
 		 219 aa  444  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  95.89 
 
 		 219 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  93.12 
 
 		 219 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  81.74 
 
 		 219 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  57.6 
 
 		 225 aa  264  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  57.6 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  58.06 
 
 		 221 aa  262  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 		 225 aa  248  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.53 
 
 		 225 aa  245  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 227 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  52.53 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.53 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.53 
 
 		 225 aa  244  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  52.75 
 
 		 224 aa  244  9e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  53 
 
 		 223 aa  241  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 224 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  53 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  53 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 223 aa  239  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  53 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 		 223 aa  237  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 257 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.29 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.38 
 
 		 223 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  52.04 
 
 		 224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  47.93 
 
 		 221 aa  234  7e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 223 aa  232  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.39 
 
 		 236 aa  231  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 		 223 aa  231  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.4 
 
 		 221 aa  231  9e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  51.4 
 
 		 221 aa  231  9e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 222 aa  222  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 221 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 226 aa  221  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  54.17 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.53 
 
 		 222 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 221 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.91 
 
 		 227 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.73 
 
 		 230 aa  211  9e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 223 aa  210  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 229 aa  210  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 221 aa  209  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 231 aa  208  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 221 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 221 aa  207  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  47.09 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.85 
 
 		 223 aa  205  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 223 aa  202  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 220 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  45.91 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  48.18 
 
 		 222 aa  201  6e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 231 aa  201  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 224 aa  201  7e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  46.3 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  44.8 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  47.25 
 
 		 222 aa  198  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  47.73 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  43.44 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.44 
 
 		 221 aa  192  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.83 
 
 		 222 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 220 aa  191  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  47.18 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.98 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.18 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  43.98 
 
 		 221 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  42.6 
 
 		 225 aa  188  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 231 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  44.19 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  42.4 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1660  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.66 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  45.21 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  43.93 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>