More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1660 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1660  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  444  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  74.43 
 
 		 220 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  74.43 
 
 		 220 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  61.21 
 
 		 221 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  60.75 
 
 		 221 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  60.28 
 
 		 221 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.26 
 
 		 221 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  57.94 
 
 		 221 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.09 
 
 		 222 aa  257  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 221 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  59.35 
 
 		 222 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  57.01 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 224 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 225 aa  231  9e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 220 aa  224  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  47.35 
 
 		 229 aa  214  7e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  47.35 
 
 		 229 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 230 aa  211  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 222 aa  211  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 221 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  46.73 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  47 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  205  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 229 aa  204  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  47.22 
 
 		 219 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.05 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 224 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  47 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  46.76 
 
 		 224 aa  201  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.54 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  46.26 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  47 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  47.22 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  45.16 
 
 		 224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.2 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  46.76 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 236 aa  199  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 223 aa  198  5e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.1 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.49 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  49.55 
 
 		 222 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 220 aa  194  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  45.37 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 222 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.15 
 
 		 222 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4805  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 221 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.744128  normal  0.758745 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2065  two component transcriptional regulator  46.54 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0454664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  43.18 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  46.3 
 
 		 222 aa  185  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  46.85 
 
 		 223 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  43.18 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  45.45 
 
 		 220 aa  185  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  47.44 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 219 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 219 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  46.33 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.33 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 241 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  47.91 
 
 		 221 aa  180  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 220 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  47 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  44.44 
 
 		 235 aa  179  4.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  44.95 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  42.73 
 
 		 224 aa  177  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  44.95 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 		 226 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 225 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 226 aa  175  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>