More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1311 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  440  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  99.55 
 
 		 220 aa  437  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.96 
 
 		 222 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  58.06 
 
 		 223 aa  252  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  57.14 
 
 		 222 aa  252  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.91 
 
 		 224 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  56.88 
 
 		 230 aa  251  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  55.76 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  55.96 
 
 		 229 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  55.96 
 
 		 229 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 224 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  56.02 
 
 		 224 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  54.09 
 
 		 223 aa  245  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 223 aa  245  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 257 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  56.48 
 
 		 223 aa  244  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.54 
 
 		 223 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.64 
 
 		 225 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 225 aa  238  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  56.94 
 
 		 223 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  56.02 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 225 aa  235  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  54.17 
 
 		 221 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  52.78 
 
 		 225 aa  235  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 225 aa  235  4e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  54.21 
 
 		 221 aa  234  8e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 229 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 221 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 222 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 		 235 aa  220  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  50.93 
 
 		 222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 223 aa  218  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.51 
 
 		 222 aa  218  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 222 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.38 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 222 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 222 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2615  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 220 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.22 
 
 		 222 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 222 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  47.69 
 
 		 222 aa  208  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 221 aa  207  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  47.69 
 
 		 221 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.69 
 
 		 221 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.69 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2283  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.27 
 
 		 222 aa  205  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  49.3 
 
 		 223 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 221 aa  204  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  46.76 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 221 aa  203  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2065  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 221 aa  203  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0454664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  48.84 
 
 		 223 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  48.84 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.86 
 
 		 221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 221 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  46.33 
 
 		 224 aa  198  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 226 aa  196  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 220 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 		 223 aa  194  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  44.09 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 227 aa  192  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.04 
 
 		 219 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  45.79 
 
 		 223 aa  192  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  43.98 
 
 		 219 aa  191  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  43.32 
 
 		 219 aa  191  9e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 241 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  46.61 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44.5 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.3 
 
 		 227 aa  188  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  42.4 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 226 aa  187  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>