More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0241 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  100 
 
 
220 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  99.09 
 
 
220 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  99.09 
 
 
220 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  95 
 
 
220 aa  424  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  92.24 
 
 
219 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  92.69 
 
 
219 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  92.69 
 
 
219 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  92.24 
 
 
219 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  92.69 
 
 
219 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  56.16 
 
 
221 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.96 
 
 
220 aa  240  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  56.42 
 
 
221 aa  239  2e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.74 
 
 
221 aa  235  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  54.59 
 
 
222 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  55.09 
 
 
222 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.46 
 
 
236 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  54.63 
 
 
222 aa  231  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 
222 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 
222 aa  229  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  53.92 
 
 
223 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  54.59 
 
 
221 aa  228  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 
222 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  53.24 
 
 
222 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 
222 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  53.46 
 
 
223 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  50.92 
 
 
224 aa  223  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.54 
 
 
224 aa  221  8e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 
223 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  53.21 
 
 
223 aa  219  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
224 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  50.23 
 
 
221 aa  217  8.999999999999998e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 
230 aa  217  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.84 
 
 
225 aa  216  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
224 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  48.62 
 
 
229 aa  216  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  48.62 
 
 
229 aa  216  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
222 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  50.68 
 
 
219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  47.91 
 
 
225 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  51.6 
 
 
220 aa  215  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 
223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 
227 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  48.17 
 
 
224 aa  214  9e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.91 
 
 
225 aa  214  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 
235 aa  213  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  51.6 
 
 
221 aa  213  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.91 
 
 
225 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  47.91 
 
 
225 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.69 
 
 
222 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 
223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  49.31 
 
 
223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 
223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
224 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 
257 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 
221 aa  210  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 
221 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  48.17 
 
 
224 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
224 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 
223 aa  208  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
224 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
224 aa  209  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 
224 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.71 
 
 
224 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
225 aa  208  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 
221 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  53 
 
 
226 aa  206  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  50 
 
 
221 aa  205  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 
221 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
223 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  47.06 
 
 
224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.37 
 
 
222 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.91 
 
 
221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
221 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  50.69 
 
 
223 aa  198  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.27 
 
 
223 aa  198  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 
227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  46.61 
 
 
227 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 
227 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 
220 aa  194  8.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
229 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 
223 aa  193  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.61 
 
 
230 aa  192  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.85 
 
 
227 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 
220 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
231 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 
230 aa  192  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 
223 aa  192  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  46.61 
 
 
243 aa  191  7e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
226 aa  191  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  46.85 
 
 
231 aa  190  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 
226 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 
223 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>