More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4487 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 220 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  95.91 
 
 		 220 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  95.91 
 
 		 220 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  95 
 
 		 220 aa  424  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  93.61 
 
 		 219 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  93.15 
 
 		 219 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  93.61 
 
 		 219 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  93.61 
 
 		 219 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  93.15 
 
 		 219 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 		 221 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.42 
 
 		 220 aa  241  6e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  56.88 
 
 		 221 aa  241  7e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  54.59 
 
 		 222 aa  235  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.67 
 
 		 221 aa  234  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.38 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  54.63 
 
 		 222 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  54.17 
 
 		 222 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  54.17 
 
 		 222 aa  228  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  51.83 
 
 		 224 aa  228  6e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  53.46 
 
 		 223 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 222 aa  226  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  53.67 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 222 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  53 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 222 aa  224  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 222 aa  224  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  50.46 
 
 		 224 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  54.13 
 
 		 223 aa  222  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 224 aa  221  9e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 224 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 224 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 230 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.38 
 
 		 224 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  50.23 
 
 		 219 aa  218  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.92 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 229 aa  217  8.999999999999998e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.46 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  50.69 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  48.84 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  51.15 
 
 		 224 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.84 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.84 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 223 aa  215  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  49.54 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 235 aa  214  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.15 
 
 		 222 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  50.69 
 
 		 257 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 224 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  50.23 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  52.05 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 221 aa  211  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  49.3 
 
 		 221 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 		 223 aa  208  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.4 
 
 		 221 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  49.1 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 221 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  48.84 
 
 		 221 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 223 aa  201  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 221 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.84 
 
 		 222 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.73 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 227 aa  197  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.85 
 
 		 227 aa  197  9e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  50.69 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  46.61 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.06 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 230 aa  194  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 231 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 229 aa  194  9e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 220 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  46.61 
 
 		 243 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>