More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4900 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4900  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 296 aa  610  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000353912  normal  0.0339956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  50.92 
 
 		 313 aa  245  6e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  31.7 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  30.48 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  31.99 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.94 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  43.96 
 
 		 245 aa  89  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.38 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.19 
 
 		 229 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 228 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  39.6 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.78 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.57 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.75 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  38.39 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.05 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.82 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.54 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.41 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  36.67 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3794  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 223 aa  62  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0280755  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  34.62 
 
 		 236 aa  62  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 238 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.69 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.4 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.07 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4944  DNA-binding response regulator  44.87 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0109954  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  39.05 
 
 		 245 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5379  DNA-binding response regulator  34.48 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5569  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5385  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5433  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4544  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.25 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4168  two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.426048 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0500  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000138983  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  34.52 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4959  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000160223  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5353  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  34.25 
 
 		 227 aa  57  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  34.02 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  33.96 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03550  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.19 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.329191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.46 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  37.62 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.6 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  32.5 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1433  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  33.64 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.78 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2673  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 224 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  36.46 
 
 		 227 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0089  response regulator receiver protein  36.26 
 
 		 171 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0650  transcriptional regulator, response regulator  30.77 
 
 		 201 aa  55.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.28 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.5 
 
 		 225 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  37.35 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 235 aa  55.5  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.31 
 
 		 237 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  35.35 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 224 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3821  response regulator receiver  36.63 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.169085  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5113  DNA-binding response regulator  43.66 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00211772  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12431  two-component response regulator, phosphate  37.36 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.15803  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8286  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.45 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691187  normal  0.348936 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3494  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5504  DNA-binding response regulator  43.66 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0717  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 242 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0546  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.27 
 
 		 226 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1539  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.34 
 
 		 222 aa  55.1  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000287281  normal  0.103291 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  30.48 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  37.35 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  38.27 
 
 		 227 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.04 
 
 		 239 aa  54.7  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  30.17 
 
 		 225 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 226 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  30.69 
 
 		 229 aa  53.9  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  36.78 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4036  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 248 aa  53.9  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.47 
 
 		 233 aa  53.9  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.204872  normal  0.13372 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.71 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>