More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0390 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 237 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 		 236 aa  243  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  52.84 
 
 		 237 aa  241  9e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.73 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.13 
 
 		 236 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  45.22 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  46.02 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 246 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  40.51 
 
 		 246 aa  189  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 271 aa  188  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 228 aa  184  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  43.88 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  43.83 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.23 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 227 aa  172  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 265 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 241 aa  167  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  36.64 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.56 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  38.4 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 198 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  37 
 
 		 240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  34.43 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.45 
 
 		 235 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0943  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.02 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715333  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  34.18 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 253 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  35.96 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.82 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 236 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.95 
 
 		 226 aa  128  9.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  29.69 
 
 		 261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  36.68 
 
 		 253 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  36.68 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 225 aa  125  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 225 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 225 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 230 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  36.1 
 
 		 228 aa  124  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  36.68 
 
 		 254 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  34.82 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  34.51 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  35.43 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 226 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>