More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4742 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  558  1e-158  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 245 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  46.5 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 234 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  47.21 
 
 		 234 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  47.21 
 
 		 234 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 234 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 234 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 237 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  43.78 
 
 		 232 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  43.7 
 
 		 238 aa  201  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.67 
 
 		 236 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 237 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.92 
 
 		 235 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 238 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  39.57 
 
 		 237 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 236 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 237 aa  188  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 227 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  38.79 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  36.6 
 
 		 231 aa  172  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 246 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 228 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 198 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  39.06 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.99 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 259 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 227 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 227 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 245 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 230 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  37.17 
 
 		 226 aa  145  9e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  34.05 
 
 		 241 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 226 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  35.53 
 
 		 237 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  35.53 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  34.21 
 
 		 223 aa  139  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  34.21 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2563  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  36.89 
 
 		 230 aa  135  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0503  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3919  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 227 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.93 
 
 		 251 aa  132  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.07 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.12 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 389 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0417  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>