More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0028 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60.43 
 
 		 235 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.52 
 
 		 237 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  49.34 
 
 		 237 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.52 
 
 		 237 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  49.34 
 
 		 232 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 237 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.58 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  46.75 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 245 aa  208  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  46.93 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  46.93 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 234 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 234 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 234 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 234 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 234 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 234 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 228 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 237 aa  198  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.29 
 
 		 242 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 259 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 236 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  41.38 
 
 		 246 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 246 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 227 aa  175  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  42.62 
 
 		 238 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  40.33 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 241 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  42.06 
 
 		 238 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  44.85 
 
 		 198 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 255 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 389 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  37.71 
 
 		 237 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 237 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  37.5 
 
 		 231 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  38.11 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 236 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.72 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  32.6 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  35.56 
 
 		 227 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 228 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  34.93 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  34.76 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  34.76 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  32.16 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 234 aa  129  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  35.61 
 
 		 226 aa  129  6e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  36.1 
 
 		 253 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 224 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.02 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  35.12 
 
 		 223 aa  126  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  36.1 
 
 		 253 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  37 
 
 		 227 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 229 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 226 aa  125  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.98 
 
 		 233 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 230 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  33.48 
 
 		 228 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1557  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>