More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1004 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 237 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  98.73 
 
 		 237 aa  470  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  94.49 
 
 		 237 aa  448  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  56.78 
 
 		 236 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  58.77 
 
 		 232 aa  278  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  48.52 
 
 		 268 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.73 
 
 		 235 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 237 aa  209  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 242 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 228 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 228 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 227 aa  194  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 271 aa  194  9e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  44.25 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  43.4 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  43.4 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 296 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  174  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 389 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.59 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 261 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  35.68 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 246 aa  161  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  38.2 
 
 		 238 aa  161  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  37.77 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 247 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  42.93 
 
 		 198 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  41.05 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.3 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.63 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0833  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1557  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1744  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0635  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0959742  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1354  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0520  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 261 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1583  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5920  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 249 aa  141  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0444029 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0943  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715333  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.86 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 233 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.86 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  37.17 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5869  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  37.66 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5652  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 266 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0393139 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  40.98 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 237 aa  138  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  35.24 
 
 		 251 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 255 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  40.19 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  37.39 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  40.49 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 247 aa  135  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40.19 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>