More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0027 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  510  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.83 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 268 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  34.87 
 
 		 237 aa  155  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.51 
 
 		 235 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  34.58 
 
 		 228 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 296 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.71 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  36.93 
 
 		 237 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.57 
 
 		 246 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  35.66 
 
 		 245 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.51 
 
 		 237 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.43 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.51 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.1 
 
 		 245 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  33.73 
 
 		 242 aa  135  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  35.54 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  34.45 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 227 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  36.14 
 
 		 246 aa  131  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  33.61 
 
 		 237 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  33.61 
 
 		 237 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.34 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  32.77 
 
 		 237 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  31.93 
 
 		 230 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  32.64 
 
 		 236 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  31.69 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  35.44 
 
 		 241 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  33.47 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  33.74 
 
 		 238 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  35.02 
 
 		 265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  34.12 
 
 		 198 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.76 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  35.39 
 
 		 253 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  34.9 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.36 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  28.57 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1354  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0520  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374054  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0833  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1744  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1557  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1583  DNA-binding response regulator  29.54 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0635  DNA-binding response regulator  29.71 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0959742  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  30.54 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2015  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.78 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  30.54 
 
 		 272 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  26.56 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  31.54 
 
 		 229 aa  97.1  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  30.8 
 
 		 234 aa  95.5  8e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.86 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.05 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 240 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_002936  DET1233  DNA-binding response regulator  32.5 
 
 		 222 aa  92.8  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0842153  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.35 
 
 		 229 aa  92.4  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  30.6 
 
 		 252 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 243 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  30.38 
 
 		 247 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  28.95 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  28.87 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.41 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.17 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>