More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1076 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 251 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0943  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.85 
 
 		 235 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715333  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.28 
 
 		 235 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.61 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  37.17 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.02 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  34.47 
 
 		 237 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 237 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  38.37 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  32.64 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 246 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.77 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.77 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  31.14 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  31.69 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  33.63 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 253 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  32.19 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  32.19 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  32.02 
 
 		 253 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  29.83 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  32.91 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 253 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  35.33 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.33 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  32.48 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  29.24 
 
 		 261 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  29.07 
 
 		 271 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  28.07 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 265 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  31.42 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  31.15 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  34.41 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 230 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 389 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 231 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  29.13 
 
 		 231 aa  99  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  29.79 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  30.87 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  29.96 
 
 		 237 aa  97.1  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  34.05 
 
 		 198 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  30.4 
 
 		 246 aa  95.1  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  27.39 
 
 		 247 aa  89  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  26.55 
 
 		 230 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.97 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  24.87 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  24.87 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  29.24 
 
 		 223 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  28.07 
 
 		 223 aa  85.9  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  28.28 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0312  putative two component response regulator  37.59 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704543  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.5 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.02 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.48 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  28.34 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  27.49 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  27.44 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  27.44 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  27.44 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.36 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4221  two component transcriptional regulator  28.16 
 
 		 270 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  26.52 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>