More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0438 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 246 aa  503  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  95.9 
 
 		 246 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  80.17 
 
 		 246 aa  400  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  54.51 
 
 		 241 aa  259  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  51.24 
 
 		 265 aa  255  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 246 aa  251  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  44.03 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.09 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 237 aa  205  5e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.49 
 
 		 236 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 268 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  43.81 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  45.09 
 
 		 237 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  181  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.76 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 236 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.73 
 
 		 242 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 271 aa  169  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  39.75 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 228 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  38.66 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 238 aa  148  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  34.48 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 198 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  34.62 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  37.17 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 389 aa  141  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0082  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 255 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 229 aa  138  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.95 
 
 		 226 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 225 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0831  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.310785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  35.53 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  33.63 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  34.8 
 
 		 227 aa  135  8e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  34.06 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.27 
 
 		 226 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 234 aa  131  9e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1046  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0213528  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  32.16 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  33.19 
 
 		 230 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  32.16 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 232 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  34.76 
 
 		 248 aa  128  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  128  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>