More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1316 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  483  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  483  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  98.72 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  99.15 
 
 		 234 aa  480  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  98.72 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  98.72 
 
 		 296 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  98.72 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 234 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 242 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  93.59 
 
 		 234 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  69.96 
 
 		 245 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.1 
 
 		 245 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  72.63 
 
 		 198 aa  289  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  57.76 
 
 		 228 aa  266  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 271 aa  228  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 237 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 236 aa  211  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 268 aa  206  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 237 aa  205  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.88 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.81 
 
 		 235 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  44.77 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  43.88 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  45.34 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 248 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 242 aa  188  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 253 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 246 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  41.23 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.23 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 254 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 254 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 265 aa  175  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 253 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 237 aa  175  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 237 aa  174  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  41.41 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 246 aa  168  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  34.63 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 245 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5007  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.53 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  34.35 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  34.35 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5920  two component transcriptional regulator  34.3 
 
 		 249 aa  128  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0444029 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  37.28 
 
 		 234 aa  128  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  33.63 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1781  response regulator receiver  35.56 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.365073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1768  two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0372211  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.08 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1091  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  33.48 
 
 		 221 aa  125  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 237 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 233 aa  125  7e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 389 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1606  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.307098  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.93 
 
 		 265 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.67 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 234 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.67 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1110  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31270  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  35.56 
 
 		 221 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.014564  normal  0.249814 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5869  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 261 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 223 aa  122  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5652  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 266 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0393139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>