More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5652 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5652  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0393139 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5869  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5920  two component transcriptional regulator  56.79 
 
 		 249 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0444029 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0660  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 249 aa  260  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1975  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0150258  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1614  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 244 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0469389  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2178  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0654  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2261  DNA-binding response regulator  55.6 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338205  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0766  DNA-binding response regulator  56.65 
 
 		 249 aa  255  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.692099  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.83 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 237 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  38.84 
 
 		 234 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 230 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.12 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  38.46 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5257  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  37.95 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  35.78 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 236 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 228 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  37.82 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  38.29 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 227 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.49 
 
 		 227 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 228 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  38.29 
 
 		 228 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.49 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  36.94 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  37.22 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.22 
 
 		 237 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 229 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 242 aa  135  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 235 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2201  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.153982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 228 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.17 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  33.04 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  33.04 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  33.04 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.24 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  33.04 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.48 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 240 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  33.48 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 224 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  38.1 
 
 		 230 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1257  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.536699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.43 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 236 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 229 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.78 
 
 		 236 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 228 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3919  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 227 aa  131  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 228 aa  131  9e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5187  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 228 aa  131  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000511147 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  34.68 
 
 		 219 aa  131  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>