More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1008 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 235 aa  470  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0943  two component transcriptional regulator, winged helix family  98.72 
 
 		 235 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715333  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  85.28 
 
 		 251 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  34.04 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.89 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.45 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.45 
 
 		 237 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.63 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  36.12 
 
 		 232 aa  128  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  38.95 
 
 		 259 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  34.6 
 
 		 261 aa  121  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.33 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 253 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  31.49 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.2 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  32.91 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 253 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 254 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  35.86 
 
 		 236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  35.15 
 
 		 268 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  39.34 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  39.34 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.91 
 
 		 236 aa  112  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 242 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.47 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  28.63 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  32.6 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  31.93 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  37.04 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  30.09 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.63 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 241 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  35.33 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 230 aa  98.6  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 265 aa  98.6  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  29.61 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  31.72 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  27.19 
 
 		 242 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 389 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  29 
 
 		 247 aa  95.1  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  34.92 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  29.52 
 
 		 237 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  30.05 
 
 		 227 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  33.51 
 
 		 198 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5703  hypothetical protein  35.5 
 
 		 304 aa  87  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4221  two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 270 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  29.24 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  24.87 
 
 		 223 aa  85.1  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  24.87 
 
 		 223 aa  85.1  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  29.11 
 
 		 232 aa  85.1  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  28.07 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0312  putative two component response regulator  37.59 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704543  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  28.81 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.29 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.22 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  28.65 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  29.48 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  29.02 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  27.49 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  25.57 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2813  two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000151023  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  30.57 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>