More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5703 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5703  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0943  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715333  normal  0.0777529 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  33.17 
 
 		 232 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 235 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  32.68 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  33.33 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.31 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.66 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  27.97 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  30.32 
 
 		 198 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  28.43 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  32.97 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  30.48 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3235  two component transcriptional regulator  29.05 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.40462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  28.05 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  27.6 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2822  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.44 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  30.1 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  26.15 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5707  winged helix family two component transcriptional regulator  28.74 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  27.74 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  28.34 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  27.32 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  26.32 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  26.78 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  28.65 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  26.63 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  31.13 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  27.09 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  28.42 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  27.32 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.42 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  28.72 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.65 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2268  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.89 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  24.46 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.05 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6985  two component transcriptional regulator  30.05 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0162975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  27.72 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.63 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  24.46 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.24 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  23.79 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  26.67 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1566  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.53 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  28.43 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  26.78 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  29.3 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  27.37 
 
 		 268 aa  69.3  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1240  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.03 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1362  DNA-binding response regulator  23.33 
 
 		 224 aa  68.6  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  28.11 
 
 		 224 aa  68.6  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  24.46 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  24.46 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1241  DNA-binding response regulator  23.33 
 
 		 224 aa  68.6  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000047717  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6752  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.82 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2095  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.12 
 
 		 256 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  25.79 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.82 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  25.79 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  30.25 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.43 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.61 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0498  DNA-binding response regulator  22.78 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00199813  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0808  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  22.66 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000531821  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  23.91 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.95 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  26.4 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0763  DNA-binding response regulator  23.91 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00370439  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  24.46 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.12 
 
 		 246 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0780  two-component response regulator  21.11 
 
 		 224 aa  67  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  24.32 
 
 		 225 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5840  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.62 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.99298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.6 
 
 		 225 aa  67  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  24.02 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  25.27 
 
 		 231 aa  67  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.57 
 
 		 237 aa  67  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1816  DNA-binding response regulator  24.02 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  23.91 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  23.91 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>