More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5707 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5707  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4056  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.61 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  36.64 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.42 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.7 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  31 
 
 		 232 aa  115  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.17 
 
 		 235 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  30.4 
 
 		 237 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.52 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.07 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 259 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.2 
 
 		 236 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  32.91 
 
 		 253 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.19 
 
 		 237 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  32.22 
 
 		 253 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 228 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  32.16 
 
 		 254 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 228 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  31.86 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  27.23 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  32.49 
 
 		 254 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  32.49 
 
 		 254 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  32.49 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  99.4  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  30.57 
 
 		 296 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 234 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 234 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 234 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  27.9 
 
 		 245 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  26.41 
 
 		 242 aa  98.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 234 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 234 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  27.31 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1354  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0833  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  28.07 
 
 		 242 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0520  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 261 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374054  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1744  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1557  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0635  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0959742  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  28.99 
 
 		 255 aa  95.9  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1583  DNA-binding response regulator  26.99 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  29.83 
 
 		 238 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 242 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  29.82 
 
 		 234 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.89 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  29.82 
 
 		 234 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  28.94 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  28.7 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 253 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  28 
 
 		 241 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 389 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  28.32 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  27.56 
 
 		 230 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  27.31 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 237 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  26.47 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 198 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5703  hypothetical protein  28.74 
 
 		 304 aa  85.9  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2021  regulatory protein VanR  23.79 
 
 		 228 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  26.87 
 
 		 251 aa  85.5  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  26.47 
 
 		 238 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.15 
 
 		 226 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  27.54 
 
 		 652 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.85 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  23.21 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  32.6 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2313  two component transcriptional regulator  22.91 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0313786  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3787  transposase  33.33 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  24.26 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  26.43 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  27.88 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2827  two component transcriptional regulator  26.9 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2805  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.67 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.244907 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.24 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1436  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.235107  normal  0.196067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  25.66 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4652  two component transcriptional regulator  25.66 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  28.95 
 
 		 229 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>