More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5960 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 226 aa  447  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  73.78 
 
 		 226 aa  340  1e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  75 
 
 		 230 aa  340  1e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  76 
 
 		 226 aa  328  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  76 
 
 		 226 aa  328  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  76 
 
 		 226 aa  328  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  68.14 
 
 		 224 aa  304  6e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  69.47 
 
 		 224 aa  303  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  67.26 
 
 		 231 aa  302  4.0000000000000003e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.61 
 
 		 231 aa  300  1e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3804  response regulator receiver protein  66.37 
 
 		 222 aa  296  1e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0687952  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.32 
 
 		 225 aa  292  3e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  64.73 
 
 		 240 aa  291  5e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.49 
 
 		 224 aa  289  3e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.56 
 
 		 228 aa  287  7e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6795  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.81 
 
 		 233 aa  287  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.510223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0437  response regulator receiver protein  66.37 
 
 		 222 aa  286  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.05 
 
 		 240 aa  279  3e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1436  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.14 
 
 		 374 aa  273  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.235107  normal  0.196067 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1879  two component transcriptional regulator  64.16 
 
 		 224 aa  273  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0517799  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.21 
 
 		 229 aa  271  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6788  two component transcriptional regulator, winged helix family  60 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241896 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.71 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.09 
 
 		 236 aa  265  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.48021  normal  0.282737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4329  two component transcriptional regulator  62.56 
 
 		 236 aa  260  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.077082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3288  two component transcriptional regulator  53.97 
 
 		 272 aa  257  8e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27020  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  63.84 
 
 		 233 aa  255  4e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.357837 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  56.05 
 
 		 231 aa  251  9.000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.42 
 
 		 225 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.98 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.98 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.98 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 225 aa  248  7e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.98 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1633  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.93 
 
 		 254 aa  245  3e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.46 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.46 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.46 
 
 		 225 aa  244  6e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  54.02 
 
 		 225 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  54.02 
 
 		 225 aa  244  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.46 
 
 		 225 aa  244  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1020  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.78 
 
 		 226 aa  244  8e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00378459  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.02 
 
 		 225 aa  244  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.46 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3284  two component transcriptional regulator  59.83 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0682203  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  52 
 
 		 226 aa  241  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3551  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.31 
 
 		 224 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.375493 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  52.02 
 
 		 226 aa  238  8e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.11 
 
 		 229 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.67 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 236 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  50.68 
 
 		 230 aa  234  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 232 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 241 aa  231  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  52.94 
 
 		 234 aa  231  6e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.49 
 
 		 232 aa  231  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 231 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 234 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.86 
 
 		 230 aa  231  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 231 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 232 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 234 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  52.7 
 
 		 230 aa  229  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.33 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 231 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 232 aa  227  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 232 aa  227  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 232 aa  227  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  50.66 
 
 		 231 aa  226  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 231 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  52.04 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.11 
 
 		 231 aa  226  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  52.04 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  52.04 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  52.04 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  52.04 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  52.04 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  52.04 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.66 
 
 		 231 aa  224  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  224  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  51.12 
 
 		 230 aa  224  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  51.12 
 
 		 230 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 235 aa  224  7e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  54.09 
 
 		 234 aa  224  7e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.95 
 
 		 209 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.95 
 
 		 209 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.95 
 
 		 209 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 232 aa  221  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 232 aa  221  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 230 aa  221  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 231 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  53.6 
 
 		 233 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.13 
 
 		 231 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2842  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 235 aa  218  6e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>