More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3571 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  56.28 
 
 		 238 aa  267  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  53.04 
 
 		 238 aa  241  5e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 239 aa  241  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  53.04 
 
 		 238 aa  241  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  52.61 
 
 		 238 aa  240  1e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 239 aa  238  5.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 244 aa  235  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  50.87 
 
 		 236 aa  232  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.56 
 
 		 247 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.86 
 
 		 234 aa  232  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 229 aa  231  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  47.11 
 
 		 248 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 232 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.74 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  50.43 
 
 		 236 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  48.68 
 
 		 247 aa  227  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 		 232 aa  227  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  51.74 
 
 		 231 aa  227  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.13 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 		 234 aa  225  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  51.98 
 
 		 234 aa  225  6e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  46.96 
 
 		 234 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  47.19 
 
 		 237 aa  222  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 237 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 237 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 237 aa  222  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 232 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 245 aa  221  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  50.21 
 
 		 252 aa  221  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  46.55 
 
 		 235 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 236 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 237 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 237 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 233 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  45.69 
 
 		 235 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 236 aa  218  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 233 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 236 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 236 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 242 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 236 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  48.71 
 
 		 262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.44 
 
 		 248 aa  215  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 279 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  46.72 
 
 		 237 aa  214  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 249 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  45.69 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.03 
 
 		 247 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  45.65 
 
 		 237 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  46.38 
 
 		 246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.4 
 
 		 245 aa  211  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 235 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  44.54 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.4 
 
 		 245 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  45.73 
 
 		 243 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 235 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  44.83 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  43.78 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1591  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.19 
 
 		 239 aa  204  7e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01577  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with RstB  44.81 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.223446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2035  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.81 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013009  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01567  hypothetical protein  44.81 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.244563  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2318  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.81 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0386418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1816  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.81 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0513956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2022  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.81 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1683  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.81 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.160047  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1826  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.45 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.494249  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2300  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.45 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.475192 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1937  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.45 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1794  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.21 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0414199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>