More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3929 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.61 
 
 		 219 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.61 
 
 		 219 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  61.16 
 
 		 219 aa  278  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  59.73 
 
 		 227 aa  275  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  59.74 
 
 		 241 aa  268  5.9999999999999995e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.36 
 
 		 240 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.93 
 
 		 240 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  55.93 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.93 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.85 
 
 		 239 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.93 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  55.93 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.93 
 
 		 240 aa  263  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.93 
 
 		 240 aa  262  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.84 
 
 		 239 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.84 
 
 		 239 aa  262  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.84 
 
 		 239 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  58.85 
 
 		 222 aa  261  8e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.51 
 
 		 240 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.39 
 
 		 242 aa  260  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.02 
 
 		 242 aa  259  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  57.08 
 
 		 224 aa  259  4e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.88 
 
 		 243 aa  257  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  59.21 
 
 		 226 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.02 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  55.75 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  52.61 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.97 
 
 		 234 aa  248  8e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  50 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  51.79 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 226 aa  239  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 230 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  52.68 
 
 		 222 aa  235  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  50 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 227 aa  228  5e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 226 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  54.91 
 
 		 247 aa  222  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.69 
 
 		 229 aa  221  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.75 
 
 		 230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 231 aa  210  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 232 aa  207  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.75 
 
 		 234 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.72 
 
 		 242 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  47.72 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 236 aa  191  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  43.5 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4255  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 226 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 236 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  46.55 
 
 		 232 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  47.09 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 		 230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 225 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 223 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 230 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 227 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 227 aa  181  7e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09580  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.35 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.132168 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.38 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 238 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.38 
 
 		 230 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 250 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 250 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 250 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  40.51 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  40.51 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  40.51 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 235 aa  178  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  43.4 
 
 		 241 aa  178  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  39.48 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  39.48 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>