More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3299 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3299  DNA-binding response regulator PetR  100 
 
 		 237 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  78.3 
 
 		 232 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  77.87 
 
 		 232 aa  358  3e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  77.87 
 
 		 232 aa  358  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0092  two component transcriptional regulator  74.79 
 
 		 239 aa  342  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  72.53 
 
 		 234 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2600  two component transcriptional regulator  67.25 
 
 		 239 aa  312  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2269  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 243 aa  245  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0989  DNA-binding response regulator  51.9 
 
 		 234 aa  244  8e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.016967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  52.3 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  54.89 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4852  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.74 
 
 		 240 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1644  two component transcriptional regulator  53.14 
 
 		 235 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1521  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  53.14 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.675435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1472  putative transcriptional regulatory protein OmpR  53.14 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.830233  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2748  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 233 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3011  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 233 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2558  two component transcriptional regulator  52.99 
 
 		 239 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3884  winged helix family two component transcriptional regulator  52.16 
 
 		 241 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4173  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 241 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1386  two component transcriptional regulator  51.72 
 
 		 241 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  0.474436 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3164  two component response regulator  51.49 
 
 		 232 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0516901  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3137  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 		 242 aa  224  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2518  two-component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 246 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2225  two component transcriptional regulator  54.01 
 
 		 246 aa  221  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  54.98 
 
 		 233 aa  218  6e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0852  two component transcriptional regulator  52.12 
 
 		 231 aa  214  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0690944  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4351  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 		 233 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.812156 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  48.95 
 
 		 241 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1737  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.151372  normal  0.336316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  48.54 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  48.54 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  48.54 
 
 		 241 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  47.88 
 
 		 239 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  47.7 
 
 		 241 aa  205  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  48.12 
 
 		 241 aa  204  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  47.7 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  47.7 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  47.7 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  47.7 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  47.26 
 
 		 240 aa  203  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  47.01 
 
 		 239 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  46.86 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2808  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.08 
 
 		 242 aa  201  6e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.95971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  46.58 
 
 		 240 aa  201  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  201  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4069  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.473392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  46.58 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  46.86 
 
 		 241 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  46.86 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2613  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.08 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2585  response regulator receiver  46.67 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  46.64 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  47.28 
 
 		 240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.12 
 
 		 244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.99 
 
 		 240 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  48.26 
 
 		 248 aa  197  9e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  46.86 
 
 		 241 aa  197  9e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  48.26 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  48.26 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.83 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  47.03 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3546  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 273 aa  190  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.376665  normal  0.686762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  47.19 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.25 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2404  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 255 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  45.26 
 
 		 244 aa  187  8e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  44.92 
 
 		 257 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  46.58 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  46.75 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  46.32 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 243 aa  185  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  45.89 
 
 		 243 aa  185  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>