More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2404 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2404  two component transcriptional regulator  100 
 
 
255 aa  517  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2059  two component transcriptional regulator  82.2 
 
 
236 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5849  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.01 
 
 
237 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.848973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0390  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  80.17 
 
 
237 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0687003  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3881  winged helix family two component transcriptional regulator  80.59 
 
 
237 aa  384  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144601  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0908  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 
395 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446668  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  53.75 
 
 
267 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  52.34 
 
 
239 aa  254  7e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  52.34 
 
 
239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  51.91 
 
 
239 aa  251  6e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  51.5 
 
 
240 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  245  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  245  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  245  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  49.78 
 
 
239 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  49.78 
 
 
239 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  244  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  244  8e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  48.95 
 
 
239 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  51.28 
 
 
241 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  50.43 
 
 
241 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  49.35 
 
 
240 aa  241  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  240  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  240  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  239  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  239  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  50 
 
 
241 aa  239  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  49.57 
 
 
241 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  49.36 
 
 
240 aa  239  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  49.78 
 
 
241 aa  239  5e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  49.57 
 
 
241 aa  238  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  49.15 
 
 
240 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  51.71 
 
 
244 aa  236  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  50 
 
 
257 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  49.57 
 
 
240 aa  235  6e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  47.86 
 
 
241 aa  233  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  49.57 
 
 
241 aa  232  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  51.74 
 
 
246 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  48.35 
 
 
245 aa  228  5e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0271  osmolarity response regulator  48.93 
 
 
246 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  47.68 
 
 
243 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  48.09 
 
 
243 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  48.51 
 
 
243 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  48.51 
 
 
243 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0246  osmolarity response regulator  48.5 
 
 
246 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0261  osmolarity response regulator  48.5 
 
 
246 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  48.09 
 
 
243 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  48.5 
 
 
246 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  48.29 
 
 
245 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  48.09 
 
 
243 aa  225  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  49.13 
 
 
246 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  49.57 
 
 
246 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  47.86 
 
 
243 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  49.13 
 
 
246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  47.6 
 
 
243 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  47.44 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  47.84 
 
 
248 aa  220  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  50 
 
 
236 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
254 aa  219  3e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
254 aa  219  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5944  osmolarity response regulator  51.5 
 
 
247 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68700  osmolarity response regulator  51.5 
 
 
247 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  48.12 
 
 
244 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1368  osmolarity response regulator  49.52 
 
 
240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1253  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.512472  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1938  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0280828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2395  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2352  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260389  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  48.31 
 
 
244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2307  osmolarity response regulator  47.88 
 
 
244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0713504  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1879  osmolarity response regulator  47.88 
 
 
244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276509  normal  0.342548 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1947  osmolarity response regulator  49.05 
 
 
240 aa  211  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1003  osmolarity response regulator  47.46 
 
 
244 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal  0.39184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>