More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3164 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3164  two component response regulator  100 
 
 		 232 aa  464  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0516901  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2748  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.96 
 
 		 233 aa  361  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3011  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.53 
 
 		 233 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  73.28 
 
 		 233 aa  350  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1521  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  75.56 
 
 		 241 aa  347  7e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.675435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1472  putative transcriptional regulatory protein OmpR  75.56 
 
 		 241 aa  347  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.830233  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1644  two component transcriptional regulator  75.56 
 
 		 235 aa  347  8e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  73.99 
 
 		 240 aa  345  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0989  DNA-binding response regulator  68.89 
 
 		 234 aa  325  3e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.016967  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3884  winged helix family two component transcriptional regulator  59.65 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4173  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 241 aa  280  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4852  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.53 
 
 		 240 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1386  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 241 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  0.474436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1737  two component transcriptional regulator  60.18 
 
 		 243 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.151372  normal  0.336316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2518  two-component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 246 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3137  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2558  two component transcriptional regulator  59.01 
 
 		 239 aa  261  4.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4069  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 235 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.473392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.95 
 
 		 244 aa  241  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2269  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 243 aa  235  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2808  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.93 
 
 		 242 aa  235  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.95971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2613  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.5 
 
 		 242 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2585  response regulator receiver  51.5 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3546  two component transcriptional regulator  52.42 
 
 		 273 aa  232  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.376665  normal  0.686762 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 233 aa  215  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3299  DNA-binding response regulator PetR  51.49 
 
 		 237 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2225  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0092  two component transcriptional regulator  49.16 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7272  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.27 
 
 		 240 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.629561  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  53.04 
 
 		 234 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6015  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0270966 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2600  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0852  two component transcriptional regulator  49.35 
 
 		 231 aa  191  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0690944  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4351  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 233 aa  185  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.812156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  45.18 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  42.86 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  45.09 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 240 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  44.35 
 
 		 246 aa  179  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  42.42 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  42.42 
 
 		 241 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  42.42 
 
 		 240 aa  178  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  41.99 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  42.48 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  43.11 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  43.11 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  41.56 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  41.56 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  41.56 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  43.75 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  43.72 
 
 		 243 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  43.72 
 
 		 243 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  43.3 
 
 		 239 aa  175  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  43.75 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  42.19 
 
 		 245 aa  175  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  43.56 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  41.99 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  42.19 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  42.86 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  43.11 
 
 		 246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  44 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  42.92 
 
 		 243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  40.85 
 
 		 248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  42.41 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  44.2 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 239 aa  171  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  41.1 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  42.17 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>