More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3137 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3137  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2518  two-component transcriptional regulator  90.79 
 
 		 246 aa  433  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1386  two component transcriptional regulator  84.23 
 
 		 241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  0.474436 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4852  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.83 
 
 		 240 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4173  two component transcriptional regulator  80.91 
 
 		 241 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3884  winged helix family two component transcriptional regulator  80.5 
 
 		 241 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1737  two component transcriptional regulator  77.27 
 
 		 243 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.151372  normal  0.336316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2558  two component transcriptional regulator  66.22 
 
 		 239 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  60.54 
 
 		 233 aa  271  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.37 
 
 		 244 aa  264  7e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1521  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  58.74 
 
 		 241 aa  264  8e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.675435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1472  putative transcriptional regulatory protein OmpR  58.74 
 
 		 241 aa  264  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.830233  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1644  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3164  two component response regulator  58.3 
 
 		 232 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0516901  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3011  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2748  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2269  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 		 243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0989  DNA-binding response regulator  52.02 
 
 		 234 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.016967  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2808  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.3 
 
 		 242 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.95971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4069  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 		 235 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.473392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3546  two component transcriptional regulator  58.12 
 
 		 273 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.376665  normal  0.686762 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2585  response regulator receiver  57.58 
 
 		 242 aa  250  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2613  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.33 
 
 		 242 aa  246  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0092  two component transcriptional regulator  53.45 
 
 		 239 aa  224  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7272  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.16 
 
 		 240 aa  221  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.629561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6015  two component transcriptional regulator  58.19 
 
 		 240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0270966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3299  DNA-binding response regulator PetR  51.29 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 232 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 232 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 232 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2600  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 233 aa  205  5e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2225  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4351  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 233 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.812156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0852  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 231 aa  178  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0690944  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  41.56 
 
 		 241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  42.86 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  41.99 
 
 		 241 aa  171  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  40.69 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  40.69 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  41.56 
 
 		 241 aa  168  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 241 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  42.36 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  41.13 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  44.4 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 241 aa  165  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  41.48 
 
 		 244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 234 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  41.23 
 
 		 239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  40.97 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  43.23 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  43.23 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  42.79 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  41.99 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  41.67 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  41.53 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  41.67 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  43.48 
 
 		 243 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  44.59 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 239 aa  159  6e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  42.36 
 
 		 243 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  41.92 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 240 aa  158  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>