More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1012 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1012  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1233  DNA-binding response regulator  77.03 
 
 		 222 aa  357  9.999999999999999e-98  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0842153  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 222 aa  208  6e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  40.91 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.99 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.99 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 226 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.91 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  40.09 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 224 aa  174  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  40.09 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 236 aa  174  9e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  40.09 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.82 
 
 		 230 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 230 aa  168  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 231 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 652 aa  168  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2487  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 231 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 224 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 223 aa  167  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.55 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  40.91 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 799 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1610  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 232 aa  165  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.496365  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5187  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 228 aa  165  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000511147 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 224 aa  165  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  165  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 219 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  40.44 
 
 		 230 aa  165  4e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  39.09 
 
 		 253 aa  165  5e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 225 aa  165  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5305  winged helix family two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 244 aa  165  5.9999999999999996e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.217359  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  38.74 
 
 		 224 aa  164  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0691  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 227 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2599  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3502  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  40.72 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.09 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  43.3 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.18 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.56 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2453  winged helix family two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 236 aa  162  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.147888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  38.18 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 228 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.99 
 
 		 220 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>