More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3118 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  100 
 
 
227 aa  454  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  74.32 
 
 
222 aa  340  1e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  71.95 
 
 
225 aa  332  2e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  70.14 
 
 
224 aa  310  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.06 
 
 
223 aa  292  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.61 
 
 
223 aa  291  6e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.21 
 
 
227 aa  284  7e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.75 
 
 
219 aa  278  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.75 
 
 
219 aa  278  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  59.36 
 
 
226 aa  275  6e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  57.08 
 
 
232 aa  271  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  60.79 
 
 
227 aa  271  6e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  60.37 
 
 
219 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  59.73 
 
 
241 aa  269  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  61.64 
 
 
226 aa  266  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  57.27 
 
 
243 aa  259  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.52 
 
 
243 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  59.46 
 
 
230 aa  254  8e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  55.02 
 
 
221 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 
247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  54.91 
 
 
240 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.91 
 
 
240 aa  252  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  54.91 
 
 
240 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  252  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  252  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.22 
 
 
242 aa  251  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.65 
 
 
242 aa  251  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.46 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.46 
 
 
240 aa  250  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.91 
 
 
240 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.46 
 
 
240 aa  250  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.46 
 
 
240 aa  250  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  55.71 
 
 
227 aa  250  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  57.4 
 
 
226 aa  249  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.46 
 
 
240 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.6 
 
 
239 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.6 
 
 
239 aa  247  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.6 
 
 
239 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  53.39 
 
 
230 aa  247  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.79 
 
 
239 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 
221 aa  234  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  49.32 
 
 
222 aa  232  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 
230 aa  231  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  56.82 
 
 
247 aa  231  5e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.05 
 
 
230 aa  231  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.77 
 
 
234 aa  221  6e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.2 
 
 
229 aa  214  8e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 
232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  54.13 
 
 
231 aa  209  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.32 
 
 
236 aa  207  7e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 
231 aa  202  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 
231 aa  199  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
227 aa  199  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  46.64 
 
 
227 aa  199  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 
230 aa  198  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 
237 aa  198  5e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 
242 aa  197  9e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  44.74 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  44.74 
 
 
238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  44.74 
 
 
238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  44.74 
 
 
238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  44.74 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  44.74 
 
 
238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  44.74 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.79 
 
 
229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  43.86 
 
 
238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 
240 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  44.3 
 
 
238 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  44.3 
 
 
238 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 
238 aa  194  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 
227 aa  194  9e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 
228 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 
229 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 
242 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 
231 aa  193  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  48 
 
 
227 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  48 
 
 
227 aa  192  3e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  45.78 
 
 
232 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 
234 aa  192  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 
223 aa  192  5e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  38.96 
 
 
231 aa  191  7e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  38.96 
 
 
231 aa  191  8e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 
231 aa  190  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 
228 aa  190  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 
227 aa  190  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 
233 aa  189  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 
230 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 
238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.18 
 
 
222 aa  189  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
229 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 
225 aa  188  5e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 
236 aa  188  5.999999999999999e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  38.53 
 
 
231 aa  188  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  38.53 
 
 
231 aa  188  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 
236 aa  187  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 
230 aa  187  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>