More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0544 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0544  winged helix family two component response transcriptional regulator  100 
 
 		 167 aa  336  7e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4801  response regulator protein  45.92 
 
 		 234 aa  106  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000584394  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5254  regulatory protein VanR  41.46 
 
 		 234 aa  104  7e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4666  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 233 aa  104  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  45.92 
 
 		 233 aa  103  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  44.9 
 
 		 233 aa  102  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1285  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.39 
 
 		 234 aa  100  9e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.477652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0255  two component transcriptional regulator  42.72 
 
 		 246 aa  100  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000922211  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 230 aa  99  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000280381  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.35 
 
 		 229 aa  99.4  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00220806  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3169  regulatory protein VanR  42.59 
 
 		 229 aa  99  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.16404  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 		 233 aa  97.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0283  regulatory protein VanR  41.84 
 
 		 233 aa  97.4  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  51.11 
 
 		 237 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 237 aa  96.7  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2313  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 228 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0313786  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 237 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 237 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 237 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  56 
 
 		 237 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  54.55 
 
 		 238 aa  93.6  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  53.33 
 
 		 237 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 225 aa  92.4  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.91 
 
 		 422 aa  91.7  5e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2021  regulatory protein VanR  47.83 
 
 		 228 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  34.38 
 
 		 256 aa  90.9  8e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0923  two-component response regulator; MrsR2 protein  44 
 
 		 240 aa  90.9  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.227452  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0906  response regulator  44 
 
 		 240 aa  90.9  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4565  DNA-binding response regulator  43.88 
 
 		 233 aa  90.5  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4400  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 233 aa  90.1  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4417  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 233 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4920  DNA-binding response regulator  43.88 
 
 		 229 aa  90.5  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 247 aa  90.1  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4803  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 229 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.21 
 
 		 234 aa  90.1  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1009  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 235 aa  89.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0833578 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  38 
 
 		 232 aa  89.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  35.16 
 
 		 230 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 229 aa  89  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 229 aa  89  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4786  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 229 aa  89  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  44.23 
 
 		 230 aa  88.2  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4781  DNA-binding response regulator  41.84 
 
 		 229 aa  88.6  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  41.84 
 
 		 229 aa  88.6  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  88.2  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1382  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  38 
 
 		 277 aa  88.2  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248291 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  47.78 
 
 		 237 aa  87.8  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 229 aa  87.8  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  44.9 
 
 		 230 aa  87.4  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 228 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.5 
 
 		 233 aa  87  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  40.21 
 
 		 233 aa  86.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 229 aa  86.3  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 230 aa  85.5  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4036  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 248 aa  85.5  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  43.33 
 
 		 230 aa  85.1  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  37.11 
 
 		 245 aa  85.1  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  43.27 
 
 		 230 aa  84.7  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3085  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 232 aa  84.3  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000315463  hitchhiker  0.000599707 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1985  DNA-binding response regulator  44.19 
 
 		 232 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  39.8 
 
 		 230 aa  84.3  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  37.11 
 
 		 245 aa  84.7  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 239 aa  84.3  7e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3518  two component transcriptional regulator  39.25 
 
 		 234 aa  84.3  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  42.39 
 
 		 230 aa  84  9e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0114  two component transcriptional regulator  42.39 
 
 		 229 aa  84  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.994086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  43.16 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1193  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1866  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.82 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  39.8 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.36 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  43.02 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  37.9 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1715  response regulator  43.02 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0124001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4583  DNA-binding response regulator  37.9 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.510578  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1689  response regulator  43.02 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4963  DNA-binding response regulator  37.9 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5106  DNA-binding response regulator  37.9 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  43.02 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2940  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.24 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0012757  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  46.24 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.26 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  48.68 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>