57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal195_3992 on replicon NC_009997
Organism: Shewanella baltica OS195



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  86.18 
 
 		 427 aa  787    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  96.96 
 
 		 452 aa  870    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 427 aa  890    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  86.18 
 
 		 427 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  87.59 
 
 		 427 aa  792    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  87.35 
 
 		 427 aa  789    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  87.12 
 
 		 427 aa  790    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  59.02 
 
 		 427 aa  548  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  58.78 
 
 		 427 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  60.41 
 
 		 436 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  57.14 
 
 		 427 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  57.38 
 
 		 427 aa  527  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 426 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  54.8 
 
 		 427 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  33.65 
 
 		 413 aa  242  9e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  26.98 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  37.36 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.65 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  39.22 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 317 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  38.81 
 
 		 711 aa  51.2  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  41.46 
 
 		 293 aa  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  35.79 
 
 		 277 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  32.97 
 
 		 296 aa  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.97 
 
 		 229 aa  49.3  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 188 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 313 aa  49.7  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  48.9  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  38.04 
 
 		 294 aa  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  40.7 
 
 		 246 aa  47.4  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0675  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 252 aa  47  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512652  normal  0.0931169 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  38.24 
 
 		 756 aa  46.6  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0851  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 261 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315858  normal  0.0165752 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 263 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0741  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 216 aa  45.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  34.48 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  31.51 
 
 		 479 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 396 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 972 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1581  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.14 
 
 		 223 aa  45.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.304003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  38.89 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  32.95 
 
 		 510 aa  44.3  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.26 
 
 		 229 aa  44.3  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6693  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 221 aa  44.3  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  35.62 
 
 		 499 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  34.83 
 
 		 270 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2789  winged helix family two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 256 aa  43.5  0.006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 		 223 aa  43.9  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 222 aa  43.9  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1263  two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 256 aa  43.5  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2736  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 257 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00867541  hitchhiker  0.0000000494299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3375  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 257 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  33.82 
 
 		 565 aa  43.1  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>