33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0358 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 426 aa  886    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  65.83 
 
 		 436 aa  617  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  59.21 
 
 		 427 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  60.28 
 
 		 427 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  59.48 
 
 		 427 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  59.72 
 
 		 427 aa  532  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  59.95 
 
 		 427 aa  533  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  59.25 
 
 		 427 aa  528  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  59.72 
 
 		 427 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 452 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 427 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  54.48 
 
 		 427 aa  499  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  54.35 
 
 		 427 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  53.77 
 
 		 427 aa  488  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  32.86 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  30.98 
 
 		 435 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 		 214 aa  53.5  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  37.89 
 
 		 277 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  31.87 
 
 		 373 aa  53.5  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  39.08 
 
 		 188 aa  50.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.09 
 
 		 290 aa  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  34.48 
 
 		 292 aa  47.8  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  36.36 
 
 		 396 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  31.78 
 
 		 604 aa  47  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2749  putative transcriptional regulator, CadC  30.77 
 
 		 251 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 317 aa  45.8  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  37.31 
 
 		 711 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.78 
 
 		 229 aa  45.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  35.9 
 
 		 296 aa  45.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3214  putative transcriptional regulator  35.44 
 
 		 269 aa  44.3  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706772  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  36.84 
 
 		 499 aa  44.3  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  42.59 
 
 		 508 aa  43.5  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  36.25 
 
 		 510 aa  43.1  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>